A JMM foi fundada em 27 de junho de 1907 durante a 1ª Assembleia da Convenção Batista Brasileira que aconteceu em Salvador, na Bahia. Primeiramente o projeto foi chamado de Junta de Missões Estrangeiras e o primeiro missionário enviado para o campo de missões foi Wenceslao Valdivia que em 1908 foi evangelizar no Chile.